Fotonuotraukų rinkinys – vienas gausiausių muziejaus rinkinių. Jame saugoma per 6000 portretinių, grupinių fotonuotraukų ir vinječių. Ypač vertingos XX a. pradžios fotonuotraukos, vinjetės, kuriose įamžinta pirmųjų lietuvių švietimo draugijų veikla – jų organizuoti mokytojų kursai, susirinkimai ir kitos iniciatyvos. Itin reikšmingos ir Pirmosios Lietuvos Respublikos (1918–1940) laikotarpio fotonuotraukos, kuriose užfiksuoti ryškiausi to meto visuomenininkai, švietėjai, pedagogai, prisidėję prie valstybės kultūros ir švietimo raidos. Didelę rinkinio dalį sudaro fotonuotraukos, atskleidžiančios tarpukario švietimo ir ugdymo įstaigų veiklą bei mokyklinio gyvenimo realijas.
Jose užfiksuoti įvairių tipų mokyklų pastatai, jų aplinka bei įamžintos reikšmingos mokyklinio gyvenimo akimirkos – moksleivių šventės, ekskursijos, sporto varžybos, parodos ir kita.